佛教徒耕种农田在中国最早始于东晋。如在中国佛教史上居于重要地位的僧人释道安（312－385）初入释门时即常“赍经入田，因息就览。”考虑到东晋安帝义熙元年(公元405年)时就有人就指责沙门“或垦殖田圃，与农夫齐流”，想必当时寺院农业已有相当规模。禅者并不像人们所认为的那样总是特立独行、听松观云，其实很早即与农业有着密切的关系。南朝刘宋时来中国的罽宾国沙门昙摩蜜多（356－442）不仅大弘禅业，译出《禅秘要经》三卷等重要经文，而且“植柰千株，开园百亩。”当然，这还不是真正意义上的“禅宗农业”。
禅宗农业形成的前提是禅者的定居。尽管早在东汉建安年间（196－220）普净禅师即在荆州玉泉山（今湖北当阳县）结茅安居，但直到南北朝时，禅者广为流行的修行方式仍然是或游化、或冢上、或树下的头陀苦行，要么就是独居净室结跏趺坐。此时既没有农业生产的必要也没有这种可能。如果说定居是禅宗农业形成的前提，那么大规模地聚居则使其农业耕种成为现实。这以禅宗四祖道信(580－651)和五祖弘忍(602－675)广聚徒众为主要标志。随着僧团人数的扩大，且许多禅寺又位于深山偏远之处，若无农业生产而仅靠乞食和信众的施舍显然是难以为生的，这使禅宗的农业生产得以形成。同时，在生产工具落后的农业社会，人口是最重要的生产力，只有禅者人数不等的定居和聚居才可以使劳动生产有着规模化的效应，提高禅者的物质供应能力。
禅者的独居使其得以成为独立的经济主体。禅者之初住于律寺，唯别院而居。以马祖道一禅师（709－788）于唐大历年间开丛林安禅侣为标志，禅者从律寺中独立出来而使禅宗农业以独立的角色得到发展，既能得到社会和信众的土地供养，同时也形成了自己的特色农业生产。
