有的寺院，寺主（即最高負責人）是住持；有的寺院，寺主是方丈；有的寺院，既有住持，又有方丈……住持和方丈到底有什麼異同？
【住持】
最開始，住持是動詞，意思是「安住之、維持之」。《圓覺經》中就有：「一切如來，光嚴住持。」意思就是，一切佛都安住在光明莊嚴的境界里，住持佛法。後來住持被引申為名詞，即代佛傳法、續佛慧命之人。將寺院的寺主稱為「住持」，是唐代百丈懷海禪師創立叢林清規時所制定。

最初禪宗大德們很多都是苦行僧，在山林中、岩石下穴居；有的則寄居在律宗寺院之下，雖然另設別院，但在其中說法住持，都不能合法。所以，百丈懷海禪師別立禪居之制，創立清規，禪宗才開始有自己的寺廟。《百丈清規》設立「住持」一職，將寺院寺主成為住持的說法，便固定下來。
住持有三種職務，即說法、安眾、修造等。其他職務則另立八大班首等來執行，以保證寺院秩序的井井有條，四眾得以安心修行。
【方丈】
方丈最初是個名詞，但是指的卻是一丈四方之室。據《維摩詰經》載，身為菩薩的維摩詰居士，其臥室一丈見方，但卻能廣容大眾，為他們講經說法。禪寺比附此說，因此將住持的居所也稱之為「方丈」。所以最初，住持也被成為「方丈」。
寺院新任住持初入寺院繼承法務，必須舉行一定的儀式，稱為晉山式，晉即進的意思，山就是指寺院。因為住持在晉山時，必須升高座說法，所以又可以稱為「升座」。
本來，最初的「升座」儀式是比較簡單的，到了宋、元、明及近代叢林所實行的晉山式則漸趨於隆重複雜，很多大寺院才有能力去做。而大寺院的住持大多德性、說法與其他普通寺院的住持相比都極為出眾，慢慢的便有了住持「升座」後才能成為「方丈」的共識。

【住持與方丈的區別】
簡單來說，方丈可以理解為「升級版」的住持，住持進行「升座」儀式之後才能成為方丈。
具體而言，現代的住持和方丈還有如下區別：
（1）方丈一般是接受傳法的和尚 ，有法卷可證明其傳承，住持則可以不必；
（2）有方丈的叢林必須制度健全，人員、規模等都有一定的要求，而有住持的寺院則未必；
（3）方丈往往具有一定影響力，如現在的方丈需要經省佛教協會批准、中國佛教協會備案，住持則不需要；
（4）方丈可以兼任多個寺廟，而住持則不能。